"Bio sam olupina", rekao je Phelps ESPN-u. "Bio sam kao tempirana bomba, čekajući da eksplodira. Nisam imao nimalo samopoštovanja, ni osjećaja vrijednosti. Postojala su vremena kada nisam htio biti ovdje. Nisam bio dobro. Osjećao sam se izgubljeno."
To je bilo u tom vremenu kada se pojavila njegova slika kako konzumira drogu. Također je bio dva puta uhićen u deset godina zbog vožnje u pijanom stanju – posljednji puta 30. rujna 2014. kada je njegov život "dotaknuo dno". U danima koji su uslijedili Phelps je uglavnom ostajao u svojoj spavaćoj sobi u Baltimoreu, razmišljajući o samoubojstvu. U to vrijeme je ovako razmišljao: "Ovo je kraj mog života… Koliko puta ću uprskati? Možda će svijet biti bolji bez mene." Phelps je rekao da se izolirao, nije jeo, i jedva da je spavao najmanje tjedan dana dok je nastavio razmišljati o ideji kako da se ubije.
Ali onda ga je njegov dugogodišnji prijatelj, kršćanin, NFL zvijezda Ray Lewis, došao spasiti. Lewis je nazvao svog prijatelja i rekao mu: “Ovo je vrijeme kada se borimo. Ovo je vrijeme kada se pokazuje pravi karakter. Ne isključuj se. Ako se isključiš, svi gubimo.” Lewis je uvjerio Phelpsa da potraži pomoć u Meadowsu, klinici za rehabilitiaciju poremećaja ponašanja izvan Phoenixa. Phelps je slijedeći prijateljev savjet otišao u rehabilitacijsku kliniku noseći knjigu koju mu je Lewis dao pod nazivom "Svrhovit život" od Ricka Warrena. Nakon što je pročitao knjigu za nekoliko dana u Meadowsu, Phelps je nazvao Lewisa. "Čovječe ova knjiga je ludilo!" uzviknuo je. "Ovo što se događa… moj mozak, ne mogu dovoljno da ti se zahvalim čovječe. Spasio si mi život."
Phelps je rekao ESPN-u da mu je knjiga pomogla da povjeruje da postoji viša sila od njega samog i da postoji svrha za njegiov život na ovom planetu. Warrenova knjiga je također uvjerila Phelpsa da se pomiri s otuđenim ocem, Fredom, koji se razveo od svoje žene kada je Phelps imao samo 9 godina. Kada su se dva muškarca vidjela po prvi put nakon toliko godina razdvojenosti, bacili su se jedan drugom u veliki zagrljaj. Nakon što je otišao iz Meadowsa u studenom 2014., Phelps je nastavio trenirati za Olimpijadu u Riju. Tri mjeseca kasnije, zaprosio je svoju dugogodišnju djevojku Nicole Johnson da mu postane supruga. Ove godine u svibnju Nicole je rodila Boomer Roberta njihovo prvo dijete.
Američka legenda je pokazala da i dalje posjeduje ono što je potrebno za prvaka u nekoliko sportskih aktivnosti, plivajući najbrže na 200m mješovitim stilom, 100m delfin stilom i 200m delfin na američkom državnom natjecanju 2015. godine. Proslavljajući svoj 31. rođendan 30. lipnja, Phelps se kvalificirao za tri individualne distance, plus na moguće tri štafete za američki olimpijski plivački tim u Riju.
