Osim što je bio uz Josepha Mindszentyja, nadbiskupa ostrogonsko-budimpeštanskog, za vrijeme kad su ga komunisti mučili u zatvoru, manje je poznato, no je zabilježeno u svjedočanstvu pristiglom u samostan u San Giovanni Rotondo, kako je Padre Pio bio i uz kardinala Alojzija Stepinca i hrabrio ga tijekom suđenja u tadašnjoj Jugoslaviji. U Čehoslovačkoj su komunističke vlasti raspuštale crkvene redove, a svećenici su završili u zatvorima.
Jedna zajednica časnih sestara vodila je skriven život. Nisu nosile habite, tijekom dana radile su u polju, a noću bi se okupljale na zajedničkoj molitvi. U San Giovanni Rotondo stiglo je njihovo pismo u kojem se zahvaljuju Padre Piju što je doputovao tako daleko i slavio Svetu misu s njima. Jedino im je bilo žao, napisale su, što je odbio poziv još kratko ostati i pojesti nešto. U pismu su poslale i upit o tome kako mu je prošao put nazad u Italiju i je li imao problema s prelaskom granica.
To pismo dokazuje kako su časne sestre bile potpuno uvjerene da je Padre Pio napustio San Giovanni Rotondo, no bio je to primjer bilokacije, kao i u slučaju posjete kardinalu Stepincu i nadbiskupu Mindszentyju. * Padre Carmelo Durante, gvardijan samostana u San Giovanni Rotondu od 24. rujna 1953. do 5. listopada 1959., bio je svjedokom brojnih bilokacija Padre Pija.
O tom posebnom daru napisao je sljedeće: “Za dobro duša, Gospodin je obdario Padre Pija iz Pietrelcine mnogim darovima, a među njima i darom bilokacije koji omogućuje osobi da bude prisutna na dva mjesta u isto vrijeme. Bilokacija se, međutim, ne smije miješati sa sveprisutnostnošću koja pripada samo Bogu.“ (izvor: Magazin “Milujcie sie!”** koji je pokrenuo otac Tadeusz Myszczynski. Prvi broj časopisa izišao je u Poljskoj 1967. uz odobrenje i blagoslov kardinala Stefana Wyszynskog) Volite jedni druge (Iv 15.12)
